在司马遹分配完行政、立法、监督等权力后，他又开始拿司法权说事。司马遹非常看重司法独立，他始终认为司法独立才是社会文明的一大进步。因此他将历史上的刑部直接从尚书省脱离开来，以大理寺主之。
司马遹把行政权给了尚书省，把立法监察权分别给了中书省和门下省。而他准备把三权分立的第三权——司法权，交给大理寺。
大理寺相当于晋朝最高法院一是掌司法诉讼、审刑断事、断案。凡各地所判案件定罪至流、死皆上大理寺审定核准，而大理寺也有权力从地方各级法司调阅审查任何一件它觉得有问题或者是检察总署、都察院申诉的案件，而它的审判裁决具有最高法律效果。
大理寺具有律法最高裁定权。尚书省、中书省、门下省和它们下属的机构有司官员，一旦被大理寺直接裁定违法，连内阁成员、录尚书事也难逃被追究的结果。
“大理寺将由七名大理寺正卿和十八名大理寺少卿组成，十八名少卿分为：审刑少卿和断事少卿，分别主理刑事和民事。正卿和少卿由尚书令提名、中书省通过，而门下省有权对其行封驳权，一旦通过，最后由皇帝任命，任期终身。”
“尚书省主官不能任意任免大理寺正卿和少卿，尚书令拥有的只是提名权而已。只有在正卿和少卿缺额时，尚书令才有机会提名，要不然就是全体大理寺正卿和少卿跟他意见不合也只能干瞪眼。”
“大理寺在各地设分支机构。设州、郡、县三级理判署。是为法司行理法裁判职权。州理判署设十六名以上州判官，郡理判署设十四名以上郡判官，县理判署设十二名以上县判官。州判官和郡判官均由大理寺正卿和少卿和议任命，县判官由州判官合议任命。而所有判官和检察官都必须是律法学院毕业且精通律法的学子。”
众人这才明白，大理寺及其下属地各级法司职权极重，可以极为有效地监督地方各级官府。所以说地方各级官员除了畏惧喜欢神出鬼没“微服”四处探访地都察院御史，剩下的就是这各级法司的判官。
根据司马遹所述，断事判官和当地官府的行政官员有很大不同，从进学到为官都不是一个“系统”的，根本攀不上什么交情。而且断事判官在每一个地方只能任职三到五年过后就会转到其它地方去了。
加上法司的费用俸禄等拨款都是由户部直接拨付，再在内部一级级下，跟各地官府没有太多地关联。所以法司判官们断起案子来可没有那么好交情可讲，而一旦被他裁断违法不但以前的行政处理无效，还要背上处分，不比被御史弹劾来得轻松。
太子这一手实在是太厉害了，可以说今后晋朝的地方官员再也不能像以前那样优哉游哉，他们时时刻刻就要小心自己不被御史、判官揪住小辫子。
“下面孤要说的是两个比较重要的直属机构，检察总署和巡警总署，这两个部门跟大理寺一样，脱离三省管辖，直接向皇帝本人负责。”
“检察总署地职责就是与巡警总署配合侦缉刑事案件，而且两者相互监督制衡。巡警总署负责抓捕罪犯，而检察总署负责向大理寺提起诉讼。”
“检察总署下属的检察官还有一个最重要地职责就是参劾权，负责监察行政事务。如果检察官发现下面的大理寺、刺史官吏等有违法行为，有权向上级检察机构检举揭发。”
至于巡警总署，司马遹将其把当成“异世”的公安部来设置，只是剥夺了一些权力只留下了维持治安侦查案件等执法权力了。各地设各级巡警署接受巡警总署和地方官府的“双重领导”。
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